第一屆東京馬拉松於2007年2月18日舉辦。然而，在2007年之前的幾年，東京馬拉松實際上包括了兩個馬拉松比賽——偶數年舉行的東京國際馬拉松賽和奇數年舉行的東京-紐約友誼國際馬拉松賽。在1981年，兩項馬拉松比賽都舉行了。然而，由於不可能在同一個城市同一個月同時舉辦兩場馬拉松比賽，從1982年開始，兩項比賽以交替的形式開始舉辦。

2007年的東京馬拉松也是2007年大阪世界田徑錦標賽的日本運動員選拔賽。參加者的總數被定為3萬人，其中，25000人報名參加了馬拉松，5000人報名參加了10公里跑。

肯亞運動員丹尼爾·恩延加和日本運動員新谷仁美分別獲得第一屆東京馬拉松的男女組冠軍。2010年，日本運動員藤原正和是第一個獲得東京馬拉松男子組冠軍的本土選手。

受2019冠狀病毒病疫情影響，2020年東京馬拉松僅限精英運動員參賽。2021年東京馬拉松延期到2022年3月6日進行，而2022年東京馬拉松則不再舉辦，取得2022年參賽資格的運動員可以選擇參加2021年（推遲到2022年）、2023年和2024年的其中一屆東京馬拉松參賽。此外所有海外選手都被禁止參賽，參賽名額也自動延續到2023年。

2021年東京馬拉松，來自肯亞的埃利烏德·基普喬蓋和布里吉德·科斯蓋分別獲得男女組冠軍，都創造了東京馬拉松最好成績。

2022年6月23日，東京馬拉松基金會宣佈2023年《東京馬拉松》正式恢復原有賽事規模，重新開放讓世界各地跑手參賽，名額也恢復疫前的38000名，舉行日期定於2023年3月5日，2022年8月29日至9月9日接受公眾報名，10月4日公佈抽籤結果。是屆的主題為「One Step Ahead」，象徵東京馬拉松走出疫情，重新面向世界，呼籲參加者繼續向前邁進。

2024年東京馬拉松，來自肯亞的本森·基普魯托和來自衣索比亞的蘇圖梅·克貝德分別獲得男女組冠軍，刷新了東京馬拉松賽事紀錄。